Sau năm 1954, huyện Cẩm Thủy có 12 xã: Cẩm Bình, Cẩm Giang, Cẩm Long, Cẩm Minh, Cẩm Phong, Cẩm Ngọc, Cẩm Sơn, Cẩm Tâm, Cẩm Tân, Cẩm Thạch, Cẩm Tú, Cẩm Vân.

Ngày 11 tháng 9 năm 1964, Bộ Nội vụ ban hành Quyết định số 237-NV[2]. Theo đó:

• Điều chỉnh địa giới giữa hai xã Cẩm Thạch và Cẩm Giang, Cẩm Ngọc và Cẩm Vân
• Chia xã Cẩm Thạch thành 3 xã lấy tên là xã Cẩm Thạch, xã Cẩm Liên và xã Cẩm Thành
• Chia xã Cẩm Giang thành 2 xã lấy tên là xã Cẩm Giang và xã Cẩm Lương
• Chia xã Cẩm Vân thành 2 xã lấy tên là xã Cẩm Vân và xã Cẩm Yên
• Sáp nhập xã Cẩm Minh vào huyện Vĩnh Lộc.

Ngày 8 tháng 3 năm 1967, thành lập thị trấn nông trường Phúc Do.[3]

Ngày 14 tháng 9 năm 1989, thành lập thị trấn Cẩm Thủy, thị trấn huyện lỵ huyện Cẩm Thủy trên cơ sở tách đất xã Cẩm Sơn.

Ngày 9 tháng 1 năm 2004, giải thể thị trấn Nông trường Phúc Do để thành lập xã Phúc Do.

Ngày 16 tháng 10 năm 2019, Ủy ban Thường vụ Quốc hội thông qua Nghị quyết số 786/NQ-UBTVQH14 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp xã thuộc tỉnh Thanh Hóa (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 12 năm 2019)[4]. Theo đó, sáp nhập các xã Cẩm Phong, Cẩm Sơn và thị trấn Cẩm Thủy để thành lập thị trấn Phong Sơn; sáp nhập xã Phúc Do và một phần xã Cẩm Vân vào xã Cẩm Tân.